Los Órganos Internos de Control, como órganos desconcentrados de la Secretaria de la Honestidad y la Función Pública, son las unidades administrativas a cargo de promover, evaluar y fortalecer el funcionamiento del control interno de las Dependencias y Entidades Paraestatales de la Administración Pública Estatal de Baja California, que conforme a las leyes y reglamentos sean competentes para aplicar las normas en materia de control interno, auditoria, fiscalización y responsabilidades de los servidores públicos; para el cumplimiento de sus atribuciones, se desempeñan bajo las directrices que establezca la persona Titular de la Secretaría y ejercen las facultades conferidas en la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Baja California, Ley General y Local de Responsabilidades Administrativas.